Au cours des siècles, la villa a subi plusieurs transformations et changements de propriétaires. Après avoir appartenu à la famille Contarini, la villa est passée à la famille Naccari puis à la famille Marolla, tout en conservant sa pertinence historique et architecturale au sein du village.
Actuellement, la Villa Contarini continue d'être d'un grand intérêt pour les visiteurs d'Arquà Petrarca, offrant un aperçu du passé noble du village et des influences architecturales vénitiennes présentes dans la région des Collines Euganéennes.
La Villa Contarini a été construite par la famille Naccari et la famille Marolla.